Pangkalan Data Penting yang Menyimpan Sekuens Primer Protein, Kecuali…

by

Protein merupakan bahan bangunan dan pekerja dalam setiap sel dalam tubuh yang melakukan fungsi penting untuk hidup dan bertahan. Mengingat peran penting yang protein mainkan, pengetahuan tentang sekuens primer protein sangat penting dalam berbagai bidang, termasuk biologi, bioteknologi, dan medis.

Pangkalan data protein menyediakan informasi berharga tentang sekuens primer protein. Dalam blog ini, kita akan membahas beberapa pangkalan data penting yang menyimpan sekuens primer protein, namun, dengan sebuah pengecualian.

Table of Contents

Pangkalan Data Protein

Pangkalan data yang menyimpan sekuens primer protein mencakup:

  1. UniProtKB: Sebagai pusat pengumpulan data protein, UniProt Knowledgebase (UniProtKB) menyimpan sekuens protein dari berbagai spesies. Data dari penggunaan ramah dan terperinci sangat membantu bagi peneliti dari berbagai disiplin ilmiah.
  2. Protein Data Bank (PDB): PDB adalah repositori global untuk struktur 3D dari protein besar dan kompleks makromolekul lainnya. Selain struktur 3D, PDB juga menyimpan sekuens primer protein.
  3. NCBI Protein Database: Bagian dari National Center for Biotechnology Information (NCBI), database ini menyimpan sekuens primer protein serta informasi lainnya seperti struktur 3D dan anotasi gen.
  4. EMBL-EBI: EMBL’s European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI) menyimpan data bioinformatika dari berbagai sumber, termasuk sekuens protein.

Ketika kita berbicara tentang pangkalan data yang menyimpan sekuens primer protein, kita tidak bisa melupakan kecuali satu – GenBank.

Penekanan Pada Pengecualian

GenBank

Meski GenBank adalah basis data genetik yang sangat penting dan penuh dengan informasi, sebenarnya tidak merinci sekuens primer protein. GenBank adalah bagian dari International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC) dan mengandung sekuens nukleotida, bukan protein.

Dalam prakteknya, GenBank menyimpan data DNA dan RNA dari semua jenis, mulai dari sekuens singkat sampai genoma lengkap. Peneliti dapat mengekstrak informasi berguna dari sekuens nukleotida ini, seperti sekuens gen dan posisi gen dalam genoma. Namun, untuk mendapatkan sekuens primer protein, satu harus mentranslasikan sekuens nukleotida ini ke dalam sekuens amino asid – proses ini mirip dengan yang terjadi dalam sel saat DNA diterjemahkan menjadi protein.

Mengintegrasikan informasi yang ditemukan dalam database protein dan nukleotida ini—seperti UniProtKB, PDB, NCBI, EMBL-EBI, dan GenBank—dapat memberi peneliti gambaran yang lebih lengkap dan mendalam tentang biologi pada tingkat molekuler.

Kesimpulan

Untuk mengetahui lebih banyak tentang protein, peneliti memerlukan akses ke database protein yang berisi sekuens primer protein. UniProtKB, PDB, NCBI Protein Database, dan EMBL-EBI adalah contoh dari pangkalan data yang menjunjung tinggi mission ini. Meski GenBank merupakan database genetik yang penting, bagaimanapun, itu tidak menyimpan sekuens primer protein. Sebaliknya, menyediakan informasi tentang sekuens nukleotida yang dapat digunakan untuk inferensi tentang protein.

Leave a Comment